Option Bioinformatique et Modélisation pour la biologie (BIMB)



Bioengineering option BIMB

Les enseignements spécifiques à l'option Bioinformatique et Modélisation pour la biologie (BIMB)

Semestre 8 :

Algorithmique pour la biologie (30h) :
Maîtriser les concepts fondamentaux de la programmation impérative.

Techniques de simulation de systèmes biologiques (30h) :
Introduction à la simulation informatique pour la biologie au travers de deux paradigmes de la modélisation en biologie : automate cellulaire et modélisation qualitative des réactions biochimiques.

Modélisation des réseaux biologiques complexes 1 (30h) :
Appréhender les aspects continus de la modélisation en biologie des systèmes.

Systèmes et réseaux (15h) :
Savoir installer, gérer et utiliser un système informatique.

Programmation Objet et Java (30h) :
Savoir manipuler les concepts fondamentaux de la programmation objet.

Toxicologie cellulaire et moléculaire (24h+projet) :
Comprendre et développer une approche globale de la toxicité des différentes classes de xénobiotiques au niveau de différents organes. Connaître les tests toxicologiques organo-spécifiques dans le cadre du contrôle de substances chimiques.

Risque chimique et activité biologique (15h+projet) :
Développer les notions de réactivité liées aux risques chimiques (danger) sur l'environnement et/ou sur l'organisme. 

Semestre 9 :

Principe de modélisation moléculaire (15h+TP) :
Comprendre les différents algorithmes impliqués dans la minimisation de système, l’échantillonage conformationel, la mécanique et dynamique moléculaire. Introduction à des logiciels du domaine.

Modélisation des réseaux biologiques complexes 2 (30h) :
Concevoir un modèle qualitatif d’un système biologique et savoir le confronter à des propriétés comportementales.

Biologie intégrative (30h) :
A  partir d’un problème biologique, savoir répondre à une question biologie par la modélisation.

Génie logiciel et UML (30h+projet) :
Savoir gérer la production d’un logiciel depuis les besoins des utilisateurs jusqu’à sa mise à disposition.

Bases de données avancées et interfaces (30h) :
Savoir mettre à disposition d’un large public un système d’information intérogeable à distance.

Fouilles de données (21h) :
Rechercher et extraire de l’information de gros volumes de données stockées dans des bases ou entrepôts de données.